Um die historische Aufführungspraxis im Zusammenhang mit dem Musizieren auf historischen Instrumenten in Leipzig mehr zu fördern, gründete Stephan Schultz 1995 gemeinsam mit einigen anderenMusikern das Leipziger Barockorchester (LBO), dem er bis heuteangehört. Konzertreisen mit dem LBO und anderen Barockensembles (z.B. Concerto Köln, La Stravaganza Köln, Il Gardellino, Il Fondamento und dem Barockorchester der Europäischen Union) führten ihn in viele große europäische Konzertsäle, u.a. ins Konzerthaus Wien (wo er solistisch und gemeinsam mit Harry van der Kamp und Alexander Weimann auftrat), Concertgebouw Amsterdam, Auditorio Nacional Madrid , Théâtre des Champs-Elysées und in die Berliner Philharmonie, nach Japan, Mexiko und zu verschiedenen Musikfestivals in Frankreich. Bei zahlreichen Rundfunk-, Fernseh- und CD-Produktionen wirkte er mit, u.a. für Philips, RAM, MDR, NDR, SR, France Musique, BBC und ORF und war zu Gast bei vielen Festivals: „Resonanzen“ Wien, Trigonale, Festival van Vlaanderen Brugge, Schleswig Holstein Musik Festival, Rheingau Musik Festival, MDR-Musiksommer, Bachwoche Ansbach, Leipziger Bachfest, La Chaise-Dieu u.a. Er war mehrere Jahre Mitglied des MDR-Sinfonieorchesters und der Magdeburgischen Philharmonie. Seit 2006 ist er Künstlerischer Leiter des französischen Barockensembles „Le ConcertLorrain“. Er gibt regelmäßig Meisterkursen in Holland, Belgien, Frankreich, Finnland und Japan.